مالدر و اسکالی زمانی توسط اف‌بی‌آی به خدمت فراخوانده می‌شوند که یک کشیش سابق ادعا می‌کند الهاماتی ذهنی درباره یک مامور ربوده‌شده دریافت می‌کند.

مالدر و اسکالی که اکنون از پرونده‌های ایکس اف‌بی‌آی کنار گذاشته شده‌اند، باید راهی برای مبارزه با عناصر سایه در دولت پیدا کنند تا به حقیقت توطئه‌ای پی ببرند که ممکن است به معنای استعمار زمین توسط بیگانگان باشد.

ماجراهای ماموران ویژه اف‌بی‌آی، فاکس مالدر و دانا اسکالی که بر روی پرونده‌های ایکس تحقیق می‌کنند؛ پرونده‌های حاشیه‌ای و حل‌نشده‌ای که با پدیده‌های ماوراءالطبیعه سر و کار دارند. مالدر به وجود موجودات فضایی و ماوراءالطبیعه اعتقاد دارد، در حالی که اسکالی، یک فرد شکاک، مامور شده تا تحلیل‌های علمی از یافته‌های مالدر ارائه دهد که کار او را بی‌اعتبار کند و او را به پرونده‌های معمولی بازگرداند.